O clima da Indonésia é tropical, com duas estações distintas, a seca e a húmida. A estação seca ocorre geralmente entre Junho e Outubro. A estação húmida prevalece nos restantes meses, ou seja, entre Novembro e Maio.
A Indonésia tem temperaturas constantes ao longo do ano. São as águas quentes que formam 81% da área da Indonésia as responsáveis por manter a temperatura terrestre entre 26ºC e 28ºC ao longo de todo o ano, de dia e de noite.
A principal variável do clima da Indonésia é a precipitação. A humidade é elevada, situando-se habitualmente entre 70 e 90%. Os ventos são moderados e geralmente previsíveis, influenciados pelo ciclo anual das monções. Os tufões e as tempestades não colocam problemas de maior na Indonésia.

Gráfico de temperatura e precipitação anual na estação meteorológica de Bali (Indonésia)
Quando Ir
A melhor época do ano para visitar a Indonésia é na estação seca (Junho a Outubro) quando o sol brilha em abundância. Os óculos escuros e o protector solar são indispensáveis nesta época do ano.
Durante a estação húmida, os guarda-chuva estão à venda em todo o lado na Indonésia, a preços muito baratos, pelo que não é necessário levar na bagagem.
Deve evitar visitar a Indonésia durante as celebrações muçulmanas do Eid ul-Fitr (também chamado Lebaran pelos indonésios), que marcam o fim do jejum do Ramadão, já que o trânsito pode ser caótico, em especial na ilha de Java. As datas exactas do Eid variam todos os anos de país para país, estando dependentes de cálculos astronómicos.