O clima de São Tomé é tropical húmido, com temperaturas e índices de humidade elevados ao longo do ano. Caracteriza-se por ter duas épocas distintas.
A estação das chuvas, que ocorre de fevereiro a maio e de outubro a dezembro, e a estação seca, conhecida pelos habitantes locais como gravana, que corresponde ao período entre junho e setembro. Pode ainda identificar-se a gravanita, a curta estação seca entre janeiro e fevereiro.
Estações em São Tomé e Príncipe
O arquipélago apresenta temperaturas médias anuais entre 22ºC e 30ºC. No entanto, a época das chuvas (fevereiro a maio e outubro a dezembro) é o período em que as temperaturas são mais elevadas, com valores médios em redor dos 30ºC. Nesta época, chove todos os dias mas por pouco tempo.
Na estação seca (junho a setembro e janeiro a fevereiro), a chuva está quase ausente. O céu está habitualmente encoberto e as temperaturas são mais moderadas, com valores mínimos de 21ºC e máximos de 28ºC.

Gráfico de temperatura e precipitação anual na estação meteorológica de São Tomé
A temperatura da água do mar é sempre muito elevada, com valores em torno dos 30ºC, principalmente nos meses de janeiro e fevereiro.
Quando Ir
O arquipélago de São Tomé e Príncipe pode ser visitado em qualquer mês do ano. Contudo, dependendo dos objetivos da viagem existem períodos óptimos para visitar as ilhas.
O período entre dezembro e janeiro é ideal para ir à praia, observar as aves e as orquídeas em flor.
Entre meados de novembro e até ao início de fevereiro, é possível observar as tartarugas marinhas nas praias de São Tomé. A praia Jalé, no sul da ilha, é um dos melhores locais para fazer a observação.
Já os meses de agosto, setembro e outubro são a melhor época para a observação de baleias e golfinhos. Os hotéis de São Tomé organizam vários passeios de barco e excursões para fazer a observação ao largo da costa.
O período entre junho e setembro é perfeito para desfrutar das praias, fazer incursões pelo interior da ilha e conhecer a floresta tropical, as roças tradicionais, e as aldeias são-tomenses.